Les rhinolophes, ou chauves-souris fer à cheval, africaines sont largement infectées par des sarbecovirus, le sous-genre de virus auquel appartient le Sars-CoV-2.

© mmariomm/Flickr, CC BY-NC-SA

Chauves-souris africaines : des coronavirus variés et proches du Sars-CoV-2

Mis à jour le 07.04.2023

Les chauves-souris, hôtes privilégiés des coronavirus, en hébergent bien des lignées. Certaines sont proches de coronavirus adaptés aux humains, comme par exemple celui à l’origine du Covid-19. Les chauves-souris africaines n’échappent pas à cette grande variété, comme le montre une étude récente de l’unité TransVIHMI de l’IRD à Montpellier et de ses partenaires en Guinée, République démocratique du Congo et Cameroun. D’où l’importance d’identifier tous ces coronavirus et les écosystèmes « homme-faune sauvage » qui pourraient favoriser des épidémies.

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Les chauves-souris du monde entier hébergent des coronavirus, certains transmissibles aux humains. La probabilité qu’elles hébergent aussi le Sars-CoV-2 à l’origine du Covid-19 est donc élevée. « De nombreuses études rapportent, en effet, la présence de coronavirus génétiquement identiques à 96,1-96,2 % chez les rhinolophesChauves-souris insectivores, aussi appelées chauves-souris fer à cheval en Asie », souligne Alpha Keita, médecin et microbiologiste de l’unité TransVIHMI de l’IRD à Montpellier et recteur de l'université Gamal Abdel Nasser de Conakry en Guinée. Pour autant, on ne sait pas encore de façon certaine ni où, ni comment – directement des chauves-souris ou via un hôte intermédiaire – ce virus s’est transmis à l’humain. Mais une chose est sûre, « la pandémie de Covid-19 a eu lieu parce que toutes les conditions étaient réunies pour une large diffusion du virus », complète Martine Peeters, co-responsable avec Ahidjo Ayouba, virologue IRD de l’équipe VIH, Ebola et autres infections virales au TransVIHMI. Un constat qui suggère en creux qu’à tout moment, un autre coronavirus pourrait aussi trouver les conditions idéales pour sévir.

Des coronavirus partout

Pour s’en prémunir et développer une surveillance efficace, la première étape consiste à repérer précisément quels coronavirus circulent et où. 

Pourcentage de chauves-souris testées positives à des coronavirus par pays

© Dowbiss Meta Djomsi et al.

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C’est pourquoi, avec leurs partenaires en Guinée, au Cameroun et en République démocratique du Congo (RDC), les chercheurs du TransVIHMI ont testé plus de 4 500 chauves-souris de divers sites d’Afrique centrale et de l’Ouest. 
Premier constat : pas de trace du SARS-CoV-2, mais des virus proches appelés Sarbecov, chez les chauves-souris testées. Et, deuxième observation, près de 2 % d’entre elles étaient positives à au moins un autre coronavirus. En outre, presque toutes les espèces étaient infectées et une grande variabilité de coronavirus a été observée.
Bilan, sur les sites étudiés, ces virus semblent « préférer » les chauves-souris insectivores aux frugivoresQui se nourrissent exclusivement de fruits..  Faut-il se méfier en premier lieu des chauves-souris insectivores ? Pas si simple car un autre élément de taxonomie entre en ligne de compte : l’appartenance des coronavirus au genre alpha-coronavirus ou bêta-coronavirus, indice de leur dangerosité potentielle.

 

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Ainsi, Mers-CoV, responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient, et les sarbecovirus Sars-CoV-1 (à l’origine du syndrome respiratoire aigu sévère) et Sars-CoV-2 (Covid-19) – appartiennent au genre bêta-virus. 
Alors que les bêta-coronavirus sont largement prédominants chez les chauves-souris frugivores, les insectivores hébergent quasi autant de bêtas que d’alpha-coronavirus.

Partage de coronavirus

Et pour compliquer l’affaire, « nous avons observé que les virus passent d’une espèce à l’autre », précise Martine Peeters. Par exemple, des Hypsignathus monstrosus se sont révélées porteuses de certains variants de nobecovirus d’ordinaire spécifiques de la roussette paillée africaine (Eidolon helvum). La raison ? Les chauves-souris de différentes espèces peuvent partager un même habitat – un arbre, une grotte – et par conséquent leurs virus. 

Une autre observation incite à la prudence. L’étude montre en effet pour la première fois que les rhinolophes africaines, comme leurs homologues chinoises, sont largement infectées par des sarbecovirus. Ceux identifiés en Afrique n’ont pas encore d’équivalents chez l’homme. « Mais pour savoir s’ils peuvent l’infecter et s’y adapter, nous devons approfondir la caractérisation génétique et les propriétés biologiques des virus », souligne Martine Peeters.

Se méfier des jeunes

Enfin, l’étude confirme que les chauves-souris juvéniles ou « adolescentes » sont plus infectées, et donc plus contaminantes, que les adultes « qui ont probablement développé une immunité, » précise Martine Peeters. De plus, chaque espèce de chaque zone géographique a son propre rythme de reproduction. D’où la nécessité d’identifier précisément pour chacune la période durant laquelle les colonies hébergent le plus de jeunes et risquent d’excréter le plus de coronavirus.
Répondre à ces questions est d’autant plus crucial que « les populations africaines sont fréquemment en contact avec les chauves-souris – consommation, contacts avec leurs déchets, utilisation du guanoFiente de chauves-souris qui sert d’engrais., etc. – ce qui augmente le risque d’être contaminé par un de leurs coronavirus, » souligne Alpha Keita. Paradoxalement, les contacts répétés avec ces virus auraient contribué à un moindre impact de la Covid-19 en Afrique, par un effet d’immunisation dite croisée. 
« Mais ce n’est pas la seule explication. Une sous-estimation des cas dans de nombreuses zones et à l’inverse, dans d’autres, la capitalisation sur les systèmes de surveillance  qui existaient avant cette pandémie, y sont peut-être pour quelque chose, tempère le chercheur.
C’est pourquoi il faut continuer à explorer l’écosystème « homme-faune sauvage » qui a favorisé cette pandémie, mais aussi ceux qui pourraient provoquer le débordement d’autres virus, [c’est-à-dire la survenue d’autres épidémies, ndlr.]. »